סיפור חזרתו לארץ ישראל של הרב חיים אבולעפיה ויישובה מחדש של טבריה מופיע אצל אברהם אלמליח, הראשונים לציון, ירושלים תש"ל, עמ' 222.
הרב חיים אבולעפיה הגיב בחוכמה להתנכלות בנו של השיח' של טבריה, וכשהתמנה הבן למושל הגליל, הפך לתומך נלהב של הרב. על הסיפור שמאחורי הקלעים של חידוש היישוב היהודי בטבריה ועל חינוך ללא אלימות
ה
רב חיים אבולעפיה (השני) היה שרוי בעצבות גדולה. אף על פי שרצה להישאר בצפת הוא נאלץ לנסוע לסלוניקי שביוון כדי לכהן שם כרב. כחלק ממסע הפרידה שלו ירד הרב אבולעפיה עם עוזרו לטבריה כדי להתפלל על קברי הצדיקים שבעיר.
הרב עמד בתפילה ובינתיים הלך עוזרו אל השוק כדי לקנות דבר מה. כשהגיע אל השוק הקיפו אותו נערים ערבים והחלו להתגרות בו ואף ליידות בו אבנים. העוזר פתח בריצה מהירה וברח אל הרב אבולעפיה. בסערת רוח סיפר לרב מה אירע לו, וציין שבין הנערים המציקים היה גם דאהר, בנו של השיח' עומאר, המושל המקומי.
הרב אבולעפיה עלה עם עוזרו אל ארמונו של השיח' עומאר והתלונן: "בנך דאהר וחבריו הציקו לעוזרי ואף זרקו עליו אבנים ופצעו אותו."
השיח' כעס מאוד, פניו האדימו, והוא הכריז: "כך עשה לך בני? הוא ישלם מחיר כבד. על התנהגותו ילקה במאה עצים!"
פנה הרב אבולעפיה אל המושל ואמר: "אבקשך להראות לי את העצים." המושל נענה לרב ולפי הוראה הוכנסו אל החדר מאה מקלות עץ.
אל החדר הוכנס בן המושל דאהר כשהוא מפוחד וחושש מן המלקות הקרבות, והנה לרב אבולעפיה הייתה בקשה מפתיעה: "אבקשך לתת לי להעניש אותו." גם לבקשה זו נענה המושל.
הרב חיים אבולעפיה לקח את העצים וקשר אותם בחבל לאגודה אחת, הרים את חבילת העצים והניח אותה בעדינות על גבו של דאהר. פנה הרב אל המושל: "הנה התקיים העונש שקבעת, ובנך נענש במאה עצים."
חיוך רחב עלה על פני השיח' עומאר, ואף בנו ניגש אל הרב אבולעפיה והודה לו על מעשהו.
עברו כמה שנים, והרב אבולעפיה כבר עבר מסלוניקי לאיזמיר שם שימש כרב הראשי, ובינתיים בטבריה נפטר המושל עומאר ובנו דאהר התמנה למושל הגליל כולו.
לדאהר היו חלומות פוליטיים גדולים והוא רצה לפתח את טבריה ולהשיבה לגדולתה.
והנה לילה אחד חלם חלום ובו ראה איש זקן ונשוא פנים, והאיש אמר לו: "פנה אל הרב אבולעפיה באיזמיר." נזכר דהאר באיש היקר והבין שהיהודים שעזבו את העיר יכולים לשוב אליה ולפַתחה.
מיד שלח שליחים לאיזמיר, שמסרו לידיו של הרב חיים אבולעפיה הזמנה לשוב לארץ ישראל ולהוביל את ההתיישבות היהודית בטבריה. הוא הבטיח לרב אבולעפיה להיטיב עם היהודים שיתיישבו בעיר ולסייע להם ככל יכולתו. כשהגיעו השליחים אל הרב אבולעפיה הוא התרגש והחליט להיענות לבקשה ואף ראה בכך סגירת מעגל, שכן סבוֹ הרב יעקב אבולעפיה היה רבה של טבריה בדור קודם.
כשהגיע הרב חיים אבולעפיה לטבריה, יצא לקראתו המושל דאהר אל-עומאר, נישק את ידיו והכריז שיסייע לו בכל דרך לפתח את העיר. בהובלתו של הרב אבולעפיה החלה תנופת בנייה בטבריה; יהודים רבים התיישבו בה, נבנו בית מרחץ, שוק חדש ובית בד לשמן. נוסף לכך, הוקם בית כנסת מפואר על חורבות בית הכנסת העתיק שבו התפלל האר"י, וטבריה כולה, לרבות היישוב היהודי שבתוכה החלה בתקופת שגשוג.
הרב חיים אבולעפיה (השני, 1744-1660) פועל בחוכמה רבה. מחד הוא מגונן על עוזרו שספג התנכלות מצד בנו של השיח' המקומי ודורש את התערבות השיח', ומאידך הוא הופך את החלטת השיח' להכות נמרצות את בנו על מעשיו ומרכך את העונש, שכן "דברי חכמים בנחת נשמעים" (קהלת ט, יז).
הפעולה הסמלית של הנחת מאה מקלות עץ בעדינות על גבו של הבן הסורר מבהירה שהרב אבולעפיה מבקש שהעונש יהיה סמלי ולא ממשי. בכך הוא רוכש ידיד שלימים ישיב לו טובה. בסופו של דבר הדרישה לצדק לצד הענישה הסמלית מביאות לשיתוף פעולה ערבי-יהודי ולחידוש היישוב היהודי בטבריה.
טבריה הייתה אחת מארבע "ערי הקודש" (צפת, חברון, ירושלים וצפת) שבהן הייתה התיישבות יהודית משמעותית לאורך הדורות. פעלו בה תלמידי חכמים גדולים, ויש בה קברי צדיקים חשובים. טבריה אף זכתה לפיוט מפי רבי דוד חסין (מרוקו, המאה ה-18) ששיבח את העיר טבריה ואת הרב חיים אבולעפיה שחידש בה את היישוב היהודי.
אוחיל יום יום אשתאה / ר' דוד חסין
אוֹחִיל יוֹם יוֹם אֶשְׁתָּאֶה / תָּמִיד עֵינִי צוֹפִיָּה
אֶעְבְּרָה נָא וְאֶרְאֶה / אַדְמַת קֹדֶשׁ טִבֶּרְיָה
נָעֲמָה יְשִׁיבָתָהּ / גַּם טוֹבָה רְאִיָּתָהּ
יָם כִּנֶּרֶת חוֹמָתָהּ / שָׁמָּה הָעִיר בְּנוּיָה …
בְּרָם זָכוּר לְטוֹבָה / הָרַב נֵיהוּ רַבָּא
עֵץ חַיִּים שַׂר הַצָּבָא / מִמִּשְׁפַּחַת אַבּוּלְעַפְיָא
נֵזֶר קֹדֶשׁ עַל רֹאשׁוֹ / אֵלָיו גּוֹיִים יִדְרוֹשׁוּ
מִפִּיו תּוֹרָה יְבַקְּשׁוּ / מִצַּפְרָא וְעַד פַּנְיָא…
חִדֵּשׁ הָעִיר שִׁכְלְלָהּ / חוֹמָתָהּ וְגַם חֵילָהּ
בֵּית מִדְרָשׁוֹ כִּלְכְּלָהּ / כָּל יָמָיו אֲשֶׁר הָיָה